徳川幕府旗本については、小川恭一氏が『江戸の旗本事典』(講談社文庫)で出自から幾つかに分けているが、細分化されすぎて分かりにくいように思うので、小川氏の分類を元に私が以下の6種にまとめてみた。

1,関が原合戦以前の臣従(三河以来の旗本)
2,外様大名系
3,旧親藩藩士系
4,大奥関係
5,技能者系
6,御家人からの叩き上げ 

1,関が原合戦以前の臣従(三河以来の旗本)
いわゆる「三河以来の直参」などと言われる徳川家旧臣、譜代の旗本たちである。
厳密に言えば、「三河譜代」という分類はなく、安祥譜代・岡崎譜代・駿河譜代などに分けられるが、日光東照宮に家康とともに祀られた「徳川二十八神将」でもそれらの区別をしていない(なにしろ譜代筆頭の井伊家は駿河譜代だ)ので、どうも関ヶ原合戦以前の臣従者は一律で三河以来の旗本を名乗ってしまったらしい。
有名どころで言えば徳川四天王系の分家と大久保彦左衛門など。意外なことだが真田信尹もここに分類される(真田家は駿河譜代だったが、当主の昌幸が後に離反、真田信尹は徳川に残った為)。

やはり格式が高く、大岡越前守忠相・長谷川平蔵宣以・遠山金四郎景元といったいわゆる「名奉行」は徳川直参が多い。幕府中枢を担った人々であった。

2,外様大名系旗本
実はこれが意外と多いのですよ。どうも旗本というと「三河以来の旗本」以外イメージしづらいが、結構いる。
どういうわけか伝・豊臣秀頼の息子までいる[交代寄合の豊臣(木下)延次。大坂落城を逃げ延びて大分の豊臣残党・日出藩木下家に庇護されたというかなりウソっぽい伝承がある。実際は日出藩主の三男で分家した人物]。
秀吉の孫までいるぐらいだから、信長の子孫もいる。福島正則、柴田勝家の子孫もいる。ただ、やはり徳川直参に比べるとそれほど活躍していない。細々と血脈を保った、というのが多い。

3, 旧親藩藩士系
最近歴史学会で注目されているのがこのカテゴリ。というのは、徳川幕府を300年間存続させた原動力がここだと言われているからだ。

さて、徳川将軍は4代家綱までは直系相続できていたが、家綱が息子不在で死去すると、後継をどうするのか幕閣で議論になった。「宮様を京都からお連れしよう」という案まで出たが、「親藩の藩主で優秀な人を後継にする方がいい、分家とは言え血の繋がった男系子孫だ」ということで、館林藩主で成果を上げていた松平綱吉を後継者にした。これが徳川綱吉である。これ以降も「宗家が絶えると親藩から優秀な人を選ぶ」という制度が確立していく。

5代将軍・徳川綱吉←館林藩主・松平綱吉
6代将軍・徳川家宣←甲府藩主・徳川綱豊
8代将軍・徳川吉宗←紀州藩主・徳川吉宗
11代将軍・徳川家斉←一橋藩世子・一橋家斉
14代将軍・徳川家茂 ←紀州藩主・徳川慶福
15代将軍・徳川慶喜←一橋藩主・一橋慶喜(元は水戸藩主の七男)

さてこうなると、これらの親藩の藩士は「藩主が将軍になった場合、随行する」という形で旗本に転籍するのである。なかなか優秀な人が多く、柳沢吉保・荻原重秀・新井白石・有馬五郎左衛門氏倫など、有名人が多い(親藩時代に藩政改革で成果を出していた人が多いため)。

なお、明治政府になっても旧親藩藩士が明治新政府の財政を司っていたぐらいで、このカテゴリには財務官僚のパリパリが多い。

4,大奥関係
数は少ないが、春日局の縁者、桂昌院の縁者などが旗本になっている。

5, 技能者系
剣豪・棋士・西洋人・医師など、異能をもって特に召し抱えられた人々。
柳生但馬守宗矩、柳生十兵衛三厳、柳生又十郎宗冬の「柳生三代」、青い目のサムライとして知られるイギリス人の三浦按針、医師の緒方洪庵などがいる。

6,御家人からの叩き上げ 
幕末に多い人達で、勝海舟などがこれ。正確に言うと海舟の祖父・御家人の男谷平蔵が御家人から旗本・勘定に昇進、材木石奉行の末裔の勝家に平蔵の子・小吉が養子に入っている。